中国科学院生态环境研究中心（简称生态环境中心）始建于1975年，时为国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所，1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并，建立中国科学院生态环境研究中心，是我国第一个全国性生态环境领域综合性研究机构。
生态环境中心围绕“国家生态环境安全与可持续发展”战略定位，充分发挥生态环境中心环境科学、环境工程和生态学三大学科的综合优势，围绕国家环境保护与生态建设的重大科技需求和国际生态环境科学前沿，不断突破支撑国家生态安全、环境健康和可持续发展的重大科学理论与关键技术，为我国生态文明建设、环境治理与生态保护、实现人与自然的和谐发展做出基础性、战略性、前瞻性创新贡献，努力成为我国生态环境科学应用基础研究和技术创新基地、高级专门人才培养基地，国内领先、国际一流的生态环境综合性研究机构。
生态环境中心主要学科方向为：持久性有毒污染物的环境过程与控制、环境污染的健康风险、污染水体修复与饮用水安全保障技术、人与自然耦合机制、城市与区域可持续发展理论与对策、环境生物技术的理论与应用。力争在环境污染的健康效应与危害机制、饮用水复合污染机理、过程与控制、生态系统服务形成机理和生态效益评估等三个领域取得重大突破；重点培养新型污染物的识别及毒性效应、京津冀环境多介质复合污染协同削减与调控、城市化的生态环境效应与生态管理、大气污染成因与关键污染物控制技术、环境纳米材料与污染控制、污染物定向生物转化、固体废弃物资源化利用技术等方向。
生态环境中心是中国生态学学会、国际环境问题科学委员会中国委员会的挂靠单位。编辑出版Journal of Environmental Sciences（SCI和EI收录）、《生态学报》、《环境科学》、《环境科学学报》、《环境工程学报》、《环境化学》、《生态毒理学报》、Ecosystem Health and Sustainability等8种自然科学学术期刊。国际刊物Environmental Science & Technology Asian office、国际水协会IWA Beijing office、国际环境问题科学委员会SCOPE Beijing office设在生态环境中心。生态环境中心科学家曾分别担任国际生态学协会副主席、国际景观生态学会副主席、太平洋科学协会主席、国际科联科学计划和评估委员会、全球气候变化适应网络亚太区域科学委员会委员等重要学术组织职务；担任Environmental Science Technology，Science Advances副主编等。